农业生产是一个开放的系统，影响农产品安全生产的因素众多，归纳起来，主要包括以下几个方面：
1、产地环境
工业排放的废气、废水、废渣、未经处理的城市和乡村污水等含有的有害物质造成产地环境中空气、水和土壤的污染，通过植物的吸收和富集作用，引起农作物中铅、镉、汞、砷等重金属元素超标，苯并芘等有机物和沙门氏菌、蛔虫卵等有害生物污染，影响产品质量安全。此外，工业“三废”含有的酸、碱等有害物质也会影响作物的正常生长发育，造成农产品减产甚至绝收。
2、农业投入品
使用不合格的农业投入品会造成农作物减产、绝收、品质变劣，破坏农业生态环境。如使用假种子、纯度低的种子会造成作物减产，使用含有检疫性病、虫、杂草的种子，会破坏农业生态环境；使用有效成分含量不足的农药、化肥，会造成农作物减产；使用重金属超标的化肥，会污染农业生态环境，影响农产品质量安全。
3、耕作制度
耕作对农业生产和生态环境会产生两方面的影响。一方面，合理的耕作制度能够充分利用当地的光、热条件，增加光能利用率，在实现农产品增产增收的同时，对环境也产生有利的影响，如合理的耕作措施能够提高绿色覆盖率，增加生物多样性；农田水利设施的修建及合理使用有利于水土保持；秸秆还田能够增加土壤有机质等。
另一方面，不合理的农业生产方式会对环境造成不利影响甚至是危害，如土地资源的过度开发和不合理利用，导致自然环境被破坏，引起水土流失、土壤肥力下降等问题；干旱半干旱区过度发展灌溉农业，引起草场退化，甚至土地荒漠化；半干旱区灌溉农业，采取漫灌等不合理的灌溉方式，可导致土地盐渍化。
4、生产管理
合理的生产管理措施和栽培技术是农产品安全生产的基础，是确保农产品增产增收、优质安全的基本保障。不合理的生产管理措施不但会造成作物大面积减产，还会对环境产生不利影响。
比如品种不适宜当地种植、未适时播种、播种密度和播种深度不当等会影响出苗率，农药品种、浓度、防治时间、施药风向、间隔期选择不当会造成药害，肥料品种、用量、施肥时机、施肥部位选择不当会造成肥害，对低温冷害（冻害、寒害）、高温热害、旱害、涝害等灾害天气应对不当会造成农作物减产等；农药安全间隔期不足会造成农产品农药残留超标，不合理的收获和储运方式可能产生产品霉变，影响产品质量安全；大量使用化肥会使土壤板结，广泛施用农药导致土壤遭受污染、危害生物多样性，秸秆焚烧造成大气污染，地膜的不合理使用造成土壤板结和塑料污染等，都会对生态环境产生不利影响。
5、其他因素
如作物收获前的质量安全检测，可以有效避免因农药间隔期不足所引起的药物残留超标；实施质量安全认证，可以帮助生产者按照标准化的生产规程进行农业生产；依据法律法规开展监督管理，可以有效约束生产者的不良行为，预防和管控农产品质量安全事件的发生。
