双孢菇播种后35～40天（覆土后15～20天），当菌丝普遍长到覆土层，扒开覆土可看到许多米粒大小的白点（即由线状菌丝变粗而形成的双孢菇原基），覆土缝中已有大量的绒毛菌丝长出时，即可进入出菇期管理。
保持菇棚内适宜的出菇温度，是秋菇夺取高产的关键。出菇期菇棚温度应保持在18～20℃，较低温度下双孢菇子实体肥厚，不易开伞，品质较好。
秋菇期温度总的趋势是从高到低，有利于生产。但由于气候不稳定以及双孢菇自身新陈代谢的作用，菇房的温度经常会出现波动，前期温度会回升，后期则会降低，从而给生产带来影响。所以，一定要加强温度管理，以促进子实体发生和生长。
秋菇前期气温较高，有时可达22℃以上，当菇棚内气温高于18℃时应设法降温，如在向阳一侧加厚薄膜上的覆盖物，并多开门窗通风降温。中午气温高时关闭门窗，晚间清晨气温低时再开窗通风，同时在地面或墙壁上适当喷水也可降温。待温度降下后，即可整理菌床，捡去死菇及发黄菌丝束，并适当补土，使菌丝恢复正常，再进行出菇管理。
秋菇后期温度逐渐下降，应加强管理，以免温差过大，出现“龟皮裂”、“硬开伞”和“死菇”现象。此阶段应加强防寒保温工作，当菇房内在12℃以下时，要关闭朝北面门窗及通风设施并加设挡风屏障，严防北风进入。
要避免在低温的夜晚及清晨换气，中午外界气温较高时，可以开南面窗进行通风。有条件的菇房可以加温维持菇房温度稳定，以延长秋菇的产菇期，增加秋菇产量。
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