一、药用植物病虫草害综合防治原则
我国植物病虫害防治的总体方针是“预防为主，综合防治”。药用植物也应遵循这一方针。综合防治的原则是以农业防治为基础，科学协调地利用植物检疫、生物防治、物理防治和化学防治措施，形成一个有机整体，创造一个有利于植物生长而不利于病虫害生存的环境，控制病虫害为害，把其危害造成的损失降到经济阈值以内。
二、药用植物病虫草害农业防治方法
农业防治是综合防治工作中的基础环节，其实质就是农事活动中尽量考虑到病虫害防治因素，结合农事操作，降低病虫基数或切断病虫害的传播链，从而达到病虫害控制的目的。
农业防治主要包括选用抗（耐)病虫品种、用无病种子或进行种子消毒、清洁田园、适时播种、合理轮作、间作、套种、深耕晒华、科学施肥等。
农业防治在药用植物病虫害防治工作中显得尤为重要，许多种类药用植物以块根、球茎等营养器官为繁殖材料，病原菌携带比例高，繁殖材料的消毒杀菌效果明显，地道药材病虫基数积累大，实行清洁田园、轮作、深耕晒田等能有效降低病虫发生基数。
三、生物防治、物理防治方法
生物防治、物理防治作为安全农产品生产中病虫害防治的主要技术手段，由于其技术含量高，防治效果明显，对环境没有污染，在病虫害防治中越来越多的受到重视，在中草药种植中，应在农业防治为基础的前提下，优先考虑应用生物、物理的方法控制病虫害。
生物防治包括保护利用天敌昆虫、利用细菌、病毒、抗生素等生物制剂、植物源杀虫剂、昆虫生长调节剂和特异性农药等。
物理防治包括灯光诱杀、性诱剂诱杀、超声波干扰、色板、色膜驱艇、诱杀、防虫网隔离等。
四、农药药剂防治方法
农药在中草药生产中使用的总体原则是：能不用就不用药，能少用就少用药，能挑治不普治，能兼治不单治，能用生物农药就不用化学农药，在药用植物生产中禁止使用剧毒、高毒、高残留或具有三致（致癌、致畸形、致突变)的化学农药。
药用植物病虫害防治中选择农药应该注意几个方面：
(1)首先要考虑对药材植株的安全性
(2）其次要考虑药剂的防效、有效期
(3）再次要考虑农药的残留及对后茬作物的影响
