附子病害主要有白绢病、叶斑病、霜霉病、根腐病、白粉病及根瘤线虫病。
一、附子白绢病
病原为真菌中的整齐小核菌，为害根部。5月下旬气温达到25℃时为发病盛期。受害块根表面着生灰白色绢状菌丝，交织成网状，老熟时菌丝扭结成褐色不规则菌核，形似油菜子。雨水多或遭浸渍后块根腐烂呈豆渣状且有腥臭味。
防治方法：与水稻、玉米轮作；种根用退菌特浸种；发现病株及时拔除，并用退菌特500倍液加石灰12公斤和尿素0.5公斤浇灌病穴及周围健株。
二、附子叶斑病
主要为害叶片，由植株的茎基部开始，逐步蔓延至全株。危害初期在叶片上呈现针头大小的褐色斑点，渐次扩大呈圆形或椭圆形病斑。叶背面病斑颜色较浅，后期在病斑上形成黑色小点，即病菌的分生孢子，严重时全株枯死。
防治方法：忌连作；摘除病叶、集中烧毁；发病期用多菌灵500倍液或用1：1：150波尔多液每10天喷洒1次，连喷3次。
三、附子霜霉病
霜霉病为真菌中的一种藻状菌。3～5月发生，苗期比较普遍、严重的病害。幼苗期，病株须根不发达，叶片直立向上伸长且狭小卷曲，呈灰白浅绿色，叶背产生紫褐色霉层。发病后，全株逐渐枯死。成株受害顶部叶变白，叶片卷缩，呈暗红色或黑色焦枯，茎秆破裂而死。
防治方法：及时拔除病苗，用1：1：200的波尔多液或65%代森铵可湿性粉剂800倍液喷洒。
四、附子根腐病
病原为真菌中的一种半知菌。4～7月发生，为害根部。上部植株萎蔫，叶片下垂，严重时病株死亡。
防治方法：修根时注意勿伤根茎；不宜过多施用碱性肥料；用50%退菌特可湿性粉剂0.5公斤兑水300公斤加石灰15公斤、尿素125克于第二次修根后立即淋灌1次，亦可按比例兑在粪水中施用或用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液淋灌。
五、附子萎蔫病
病原为病毒性软腐病和真菌性根腐病。4月中旬发生，茎秆上有黑褐色的条纹，麻叶，叶脉呈黑色油状条纹，叶子变黄死亡，横切块根亦可见黑色一圈。为土壤传染病害，病害由块根伤口浸入维管束，再浸入到下一代种根上。
防治方法：采种、运输、栽种、修根时注意勿伤种根；发现病株立即拔除。
六、附子白粉病
一般于5～9月发生，发病后叶片先扭曲向上，叶背产生褐色斑块，椭圆形，逐渐焦枯。病菌在病残植株上越冬，次年病菌萌发产生白粉，随风蔓延，天旱时特别严重。
防治方法：发病初期用庆丰霉素60～80单位或80%甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液喷雾，亦可用波美0.3度石硫合剂、福美硫磺等药剂喷雾，每7～10天1次，连续3次。
