目前，有机水稻生产可参照的现行有效标准为：《有机产品生产、加工、标识与管理体系要求》(gb/t19630-2019)、《有机水稻生产质量控制技术规范》(ny/t2410-2013)、《有机食品水稻生产技术规程》(ny/t1733-2009)和《有机食品技术规范》(hj/t80-2001)等。
在符合相关国家强制标准要求的基础上，有机水稻的生产还应注意以下几个方面：
(1)产地选择
有机水稻生产单元范围应具有一定面积、相对集中连片、地块边界明晰、土地权属明确并建立和实施了有机生产管理体系。有机水稻生产单元及地块应远离污染源，保证土壤、水、大气等自然环境质量符合国家标准要求。在同一生产单元内，不应同时存在有机水稻和常规水稻的平行生产。
为应对有机生产区域受到邻近常规生产区域污染的风险，有机地块与常规地块的缓冲带距离应不少于8m。缓冲带上宜种植能明确区分或界定的作物，所种作物应按有机方式生产，但收获的产品只能按非有机产品处理。
(2)转换期
有机稻米生产必须经过转换期，老稻田转换期不少于24个月，新开荒或撂荒36个月以上的或有充分证据证明36个月以上未使用禁用物质的稻田也应经过至少12个月的转换期。转换期内应建立和实施有机生产管理体系。
(3)投入品
不应引入或使用基因工程生物、转基因生物及其衍生物，包括植物、种子、其他繁殖材料及肥料、土壤改良物质、植物保护产品、植物生长调节剂等。
不应在有机生产中使用辐照技术。
为维持土壤肥力和保证植物健康，需要使用生产单元外来投入品时，应使用《有机产品生产、加工、标识与管理体系要求》(gb/t19630-2019)附录中列出的投入品，并按照规定的条件使用。不应使用化学合成的植物保护产品、肥料和城市污水、污泥。
(4)病虫草害防治
在《有机水稻生产质量控制技术规范》(ny/t2410-2013)中，对有机水稻生产中的病虫害防治提出了“从自身农业生态系统出发，立足因地制宜”的综合防治技术措施。主要包括：一是农业措施，二是物理措施，三是生物措施，四是人工措施。这些措施的具体要求，请点击参见有机水稻的病虫草害防治措施有哪些。
(5)有机稻田培肥施肥
有机水稻生产中提倡种植豆科作物或绿肥进行土壤培肥。主要的培肥措施包括：与油菜、绿肥、玉米、大豆等轮作；秸秆直接还田、腐熟还田、过腹还田等；增施农家肥、堆肥、沼肥等有机肥；稻田养鸭、鱼、蛙等。提倡采用休闲恢复土壤肥力。生产基地中使用的所有肥料应对作物和环境无害，这些肥料应以来自有机生产基地体系为主。
(6)收获和贮藏
有机水稻应单独收获。收获前应对机械设备进行清理，以免对稻谷造成污染。稻谷的容器和包装材料宜使用可重复、可回收和可生物降解的材料，不应使用接触过禁用物质的包装物或容器。
有机稻谷应尽可能单独贮藏。若与常规产品共同贮藏，应在贮存场划出特定区域，并采取必要的包装、标识等措施，防止有机稻谷与非有机稻谷混合。
