追肥应根据花椒各物候期的特点及对肥料的要求进行，基肥的施用时间和数量也影响追肥的施用，秋施基肥且施肥量多时，可以减少追肥的次数和数量。
由于花椒树在年周期中，生长结果各物候期的进程不同，追肥的作用和时期也不同。
（一）花前追肥
有机肥：主要是对秋施基肥数量少和树体贮藏营养不足的补充，对果穗增大、提高坐果率，促进幼果发育都有显著作用。
花肥：花前追肥以氮肥为主，主要是对秋施基肥数量少和树体贮藏不足的补充，对果穗增大，提高坐果率都有作用。
（二）花后追肥
主要是保证果实生长发育的需要，对长势弱而结果多的树效果显著。此期追肥的肥料种类要依具体情况而定，对树体内氮素营养水平高、树势健壮的树体，可以少施速效氮肥。
反之，应追施足够数量的氮肥，同时要追施磷钾肥，这样既有利于果实的生长发育，能提高当年的产量，又有利于花芽分化，保证明年的产量。
（三）花芽分化前追肥
花芽分化前追肥，对促进花芽分化有明显作用。这次追肥应以氮、磷肥为主，配合适量钾肥。
对初结果树和大龄树，为了增加花芽量，克服大小年，应主要在此期追肥，此期追肥除能促进花芽分化外，还有利于果实的发育。
（四）秋季追肥
主要为了补充花椒树由于大量结果而造成的树体营养亏损和解决果实膨大与花芽分化间对养分需要的矛盾，增加产量，提高品质，促进花芽分化和增加树体营养积累。
追肥时间为8月中下旬至9月上旬。可追施有机肥、生物肥和中微量肥，并配施适量的复合肥，幼树、徒长树应避免后期追肥，以免生长延迟，降低抗冻害能力。
（五）根外施肥
花椒树除土壤施肥外，也可以将肥料喷到叶上或枝上，这种方法称为根外施肥。
在干旱、缺雨，又无灌溉条件的情况下，不宜土壤追肥时，可以根外追肥，肥效快，叶面追肥2小时后，即可被吸收利用，而且在各类新梢中的养分分布比根部施肥均匀，易被土壤固定的元素如磷、钾、铁、锌、硼等。
用叶面追肥的方法效果快且节省肥料，叶面追肥可以结合喷药进行，节省劳力，在花椒行间种植作物，土壤施肥不便时，可以进行叶面追肥，花椒开花坐果期及果实膨大期难以用土壤施肥时，采用叶面喷肥可大大提高产量。具体做法：
开花期前，4月中旬喷施氨基酸300倍液或0.3% - 0.5%尿素与0.3%磷酸二氢钾的混合水溶液，间隔7- 10天，再喷施2-3次，7月中下旬至8月上旬再喷0.3%磷酸二氢钾水溶液或高钾型叶面肥2-3次。
